L'EIRL dispose d'un patrimoine professionnel affecté à l'activité professionnelle, c'est-à-dire constitué de biens nécessaires à l'exercice de l'activité professionnelle (matériel, local, etc).
Durant la vie de l'entreprise, il est possible de modifier ce patrimoine en ajoutant ou en retirant des biens. L'ajout ou le retrait des biens du patrimoine d'affectation se fait auprès du guichet des formalités des entreprises.
En cas de difficultés de l'entreprise conduisant au redressement judiciaire ou à la liquidation judiciaire, les créanciers professionnels ne pourront saisir que le patrimoine professionnel.
Mais, en cas de fraude ou de manquements graves et répétés aux obligations fiscales, sociales ou comptables de l'EIRL, les créanciers pourront saisir son patrimoine personnel.